Základním a hlavním důvodem pro odlišné zdanění v případě družstevního bytu je rozdílný právní režim, který spočívá v tom, že v případě prodeje bytu prodáváte nemovitost, avšak v případě prodeje družstevního bytu neprodáváte nemovitost, ale družstevní podíl s právem nájmu této nemovitosti (bytu). Byt totiž vlastní bytové družstvo, nikoli družstevník. Družstevník (člen bytového družstva) vlastní družstevní podíl s právem nájmu ke konkrétnímu bytu. A proto pro zdanění „prodeje družstevního bytu“ se použijí jiná ustanovení Zákona o dani z příjmu.
Zatímco pro zdanění příjmu z prodeje bytu v osobním vlastnictví se použije ustanovení § 10 odst. 1b, ve spojení s ustanovením § 10 odstavec 5, Zákona o dani z příjmu kde platní, že výdajem je cena, za kterou poplatník věc prokazatelně nabyl a též částky prokazatelně vynaložené na technické zhodnocení, opravu a údržbu věci, včetně dalších výdajů souvisejících s uskutečněním prodeje,
Pro zdanění příjmu z prodeje bytu v družstevním vlastnictví se použije ustanovení § 10 odstavce 1 písm. c), ve spojení s ustanovením § 10 odstavec 6, kde za výdaj se považuje pouze nabývací cena podílu (nikoli výdaj na rekonstrukci bytu).
Problematiku zdanění příjmu družstevního bytu, řešil v nedávné době Nejvyšší správní soud , který pod sp.zn. 1 Afs 37/2023 – 30 dospěl k shrnutým výše uvedeným závěrům.
